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接着，香菇人便会告诉玩家原来那两个假扮邻国使节的人偷走了碧琪公主的声音，并用爆炸声来取代！而库巴则因为这样而无法绑架碧琪公主，并要求马里奥他们一起来帮助回复她的声音，好让自己能再绑架她(‥‥‥)。
最后，碧琪公主说了一大段话，而要城堡内全体人员紧急逃亡，而城堡则几乎报废。
接着便是玩家的自由时间了。
在广场中央的水池附近有人会教授Action Icon的用途。而在广场左方有宝箱，
而在左上方有人在找东西，只要到最左下方便能发现他想要的东西，还给他后便会得到1-Up
Mushroom。
在广场的右方有人说拿不到香菇，只要帮助他拿下来并还给他便能取得Super Mushroom。而右上方会发现库巴的手下迷了路，只要指示它往上方走便成。
一直往上走(中途路易吉会跟着)，中途会看到储存簿册，可用来储存游戏资料。
走到最上方时会被奇诺吉相喊停，并会送100枚香菇币及手提箱给马里奥。
奇诺吉还问路易吉是否也会跟随马里奥到豆豆王国，而路易吉则表明他只是来送行。
只要走到最上方时便会发现库巴，在它等待它的部下的同时，路易吉也被迫成为库巴的部下，虽然他逃跑了，但是最后也被人抓回来‥‥
－－－Bowser
Cruiser(库巴飞船)－－－
在飞船中也有人教授其他基本功能及看到有方向的宝箱时如何处理，在跑到有乌龟拍照的地方会被叫停下来，此时按Select打开手提箱，会发现护照上没有照片，拍过照后便可以离开。
而同一场景的下方会看到有一只乌龟，原来它是之前迷了路的乌龟。如果之前没有指示它跑错方向的话便可以取得1-Up
Mushroom。
到下一场景，推倒挡路的木桶后有人会问是否需要教授两人一起战斗时的技巧。
不管玩家答甚么，他都会在第一次战斗中出现并解说如何控制两个人的动作(以后在战斗中，不论攻击防守决定，只要是有关马里奥的都是按A键，而路易吉的是B键)。
之后有乌龟会要求玩家协助捕捉逃走的磨菇，而它也会告诉玩家有关先制攻击的事。
只要前面的人踏到了敌人的话，那么战斗一开始全体敌人也会遭受损失。
但是要注意在前面的人踏敌人的同时不能让后面的接触到敌人，只要后面的人接触到敌人的话，战斗刚开始时便不能作出防卫，直至到自己的回合或吃了一记攻击。
而另外玩家要清楚，不能踏上方有刺的敌人，否则会是自己受伤。
如果想进行先制攻击的话，最好便是两兄弟一起跳起来，这样便不用怕后面的会被攻击。
到了上层后只要撞击有惊叹号的箱便能到甲板，记得之前要存档。
正当玩家快要经过边境，突然间飞船受到攻击，原来是假扮使者的两个人！
在Cackletta离开了后，库巴会被极速击倒，要两兄弟独力对付她的部下‥‥
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