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－－－Beanbean
Castle(豆豆城)－－－
女王把虫子吐出来回复原状后，便会告诉玩家为何她们要偷走碧琪公主的声音及Beanstar。
原来Beanstar拥有成全所有愿望的强大威力，因为它的威力太强大，为了避免有人误用，于是有人令Beanstar陷入了睡眠之中。
但是如果有甜美的声音的话便能叫醒它，而现今拥有这声音的只有碧琪公主一个，故她们要抢走碧琪公主的声音，以便达成统治全世界的愿望。
此时王子恰巧到达，出去跟他见面后得知原来女王早已预料到所有事，故特地派王子暗中调查跟踪她们两个。
最后得知她们打算在Woohoo Hooniversity那儿让Beanstar醒过来。
不用说，现在要做的当然是跑去打倒她们啦！最后，女王便会命令马里奥及路易吉进入Woohoo Hooniversity。
跟着便能自由活动。
先别急着离开城堡，之前在城堡外阻路的石头已被清除。
先往左走，会到达水管屋，内里有三号水管。
右面下方的路可以通到右半边的镇，上方的路则有人在拍摄，大家可以重拍护照上的照片。
－－－Beanbean
Castle Town(豆豆镇)－－－
镇上已经重建完成了，先去看看防具店吧。
另外，左面的镇左上方的房子是专门制造豆汁的，每制造一种新的豆汁，欧亚玛教授(路易吉的鬼屋内帮助路易吉的人)便会送给大家一种有用的奖章，而豆汁又能令能力提升，可说一举两得。
右面的镇左下方有情报收集店，但不是太实用，别花钱去买情报。
另外，道具店也是在镇的右面，而不再是与防具店的人一起，这点要留意。
接着便是掘豆及收集宝物大行动啦！首先在市郊外一些在笑的巨型石雕附近有豆，而在掘地时只要在一些幼苗下破土而出也可以得到豆子。
在左面的市郊最左方有一处是有围栏挡着的，用路易吉在地下穿过围栏，便能跑到上方的洞穴内跟巨型鼹鼠拿宝物。
市郊西北方最上面有一处是有一扇门的，也是用路易吉在地下穿过门，然后敲墙上的门来开启。通往二号水管。
在东面的市郊，有一处是有炸弹兵但却没有乌龟的。
在那儿有一个洞穴，内里是六号水管。
市郊东北面的最左上方有一条被盖着的道路，可通到市郊北面最上方一个被围栏围着的山洞，找变小了的马里奥进去便能跟巨型鼹鼠拿High-End Badge(这儿有上下路走，两只巨型鼹鼠分别会给不同的宝物，别拿漏了)。
而在洞穴左方的地方也有门需要路易吉从地下通过，但因为玩家不能推动布布石雕，故现在可以不理。
所有宝物也找到了后，便要往右下方的Woohoo Hooniversity进发了。
只要从镇右面的桥出来，然后往下方走，之前被士兵阻着的路已经能通过，一路前进便能到达Woohoo Hooniversity。
－－－Woohoo
Hooniversity－－－
进去后会发现研究所变成了废墟，乍看之下甚至觉得像鬼屋多于研究所的。
往上走不久后会看到大批研究员逃亡。
最上方会看到有人倒了在地上，如果跟他说话，不久他便会变成怪物攻击玩家。
为了他及自己着想，还是不问的好。
接着先往上走，按右面的惊叹号方块，便会有新的道路出现。
敌人中有一些是曾经在马里奥医生出现的细菌，只要把它们全变成同一颜色便能把它们消灭。
接着会看到有分歧，左方的路是研究方块的房间，最好先看一看。
其中值得留意的有一个很大的方块，基本跟有箭头的方块差不多，但是要由那一个人来敲则是随机。
而另外有一个方块是有数字的，敲了后两兄弟会站在不同位置，然后箱子便会在两个人中间不断移动，敲一次便会改变方向，而且会移动越来越快。
看完后便离开继续前进。
一直往上走直到没有去路，然后转往右走，走到尽头的房间时会看到一大堆石像，用鎚子把石像的颜色改变成下面的便会有道路出现：
红
红
蓝
蓝
红
蓝
红
红
红
蓝
红
红
进刚开启的门，一直前进，直到一个满布机关的房间。
先把马里奥缩小，进左上方第二房间。
敲下按钮后，旁边的房间的门便会开启，但马里奥则会被困。
按Start转移控制的角色，用路易吉敲下左面的按钮。
接着便是小游戏，玩家要在25秒内得到30分，成功的话两扇门及左下方房间的门均会开启。
用马里奥进左下方的屋间，跑上墙壁后先跑到最右下方，会发现另一间大房间，内里有隐藏宝箱。接着回右上方的房间，按下按钮，右下方的房间的门便会开启。
然后跟路易吉会合及变回原状。
之后把路易吉敲进地下再在木桶下出来，站在木桶上敲掉最上方墙壁的按钮后便能离开。
到新开启的房间，进去后会看到在Chucklehuck Woods曾出现的机关，但是由于没有木桶，所以只有继续走。
之后会看到惊叹号方块移到了半空，现在也是无法敲的。
用旋转跳飞到对面，敲下墙上的按钮后，左方的小洞便能进去，用变小的马里奥便能进去敲按钮。
敲了后便会看到有木桶掉下来，但别那么快便回去。
先掉下去一直走，到了一处有机械臂的地方按下按钮便能回去。
回到刚进来时的房间，现在已经有两个木桶可以进去，别进在石像附近的木桶，进另外一个。
踏下按钮后路易吉会被连人带木桶的被机械臂夹走。
然后到之前被机械臂挡着路的地方，现在可以通过。
跟着会看到路易吉及木桶，再来的就是要玩避桶子游戏。
成功到达最上方的话路易吉便会又被夹走。
只要按下旁边的按钮，便会看到‥‥
到最新开启的路，内里有新的教学提示。
只要在马里奥喝满水后路易吉再用鎚子敲的话，马里奥便能发射水弹，最多可以发射三次，是马里奥吐水的招式中距离最远的一招。
用新学得的方法把玩具老鼠推到电缆缺口上，通电后便能撞到惊叹号方块。
最后只要回最初到的房间，敲左方的惊叹号按钮便大功告成。
镜头一转，会看到她们已经完成了令Beanstar醒过来的准备了。
事情已经刻不容缓，存档后便去挑战Cackletta吧！进去后发现她们已经开始了令Beanstar醒过来的程序。
Beanstar是醒过来了，不过‥‥它却好像很愤怒，还把附近的设备和地面都破坏了，最后掉到了洞穴下面。
看来对方也发现有点不对劲，正在想怎么办时马里奥兄弟终于赶到了！她的部下一下子便被路易吉干掉。
不得已，要由她亲自出手，马里奥及路易吉就在这儿和开始了一场生死大战！
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