就在这时，极为狼狈的Cackletta及Fawful碰到了在天空上掉下来而快要半死的库巴。
不幸地，Cackletta看到了库巴后便决定入侵他的身体，结果‥‥

－－－East Beanbean(豆豆城东面市郊)－－－

在出了水管后，敲下旁边的按钮后走了不久王子便会出现。
并告诉玩家碧琪公主将会来访，要玩家到豆豆机场去迎接她，而机场则在豆豆城的南方。
说罢，王子便又离开了。

大家先别急着去机场，先到处走一下吧。
只要在豆豆镇右面的桥出来后往右上走，之后便会看到有一扇门需要用雷电来开启。
现在既然玩家已懂得运用雷电，便可以打开该门。

一直走，最后会看到一个洞穴，进去后会发现之前为马里奥和路易吉制造鎚子的铁匠。
他们会替玩家升级鎚子，之后大家便能破坏紫色的石头了。
另外，在洞穴右方会有一个大笨石，并问玩家是否愿意付出200枚金币来玩小游戏。
只要玩小游戏得胜后便有机会习得一招新的联合攻击。

在豆豆城东北面的市郊，利用旋转跳走到最右上方，之后会看到一个老伯及不少种子。
只要先让马里奥喝水，跑到种子附近后再用路易吉电马里奥，他便会在近距离吐水，种子便会发芽。
踏上发了芽的植物后便能到上方的巨型鼹鼠拿宝物。

在豆豆城北面的市郊有一个水晶球，只要路易吉对着它用雷电，便会有台阶出现，能进入上方的洞穴。
洞内主要是要两兄弟一起撞一半绿色一半红色的Simu Block来开启新道路。
只要动些脑筋，应该不是问题，最后便能跟洞内的巨型鼹鼠拿Wool Trousers。

跟着大家便要到机场了，在豆豆城南面的市郊有一处有两个水晶球并列的地方，用路易吉对着它们用雷电，便能开启到机场的路。

－－－Beanbean Airport(豆豆机场)－－－

到达机场后，有人会通知玩家到跑道。
而到了跑道后，发现跑道满布食人花，而玩家要做的当然是打倒这些食人花了。
但是要注意，就算打倒了食人花，离开后它又会出现。
所以玩家应该先控制马里奥去喝水，然后向食人花吐水，之后用路易吉电它们便行。
料理掉五朵食人花后，在跑道中央的蛋便会诞出‥‥巨型食人花！

*头目战

Mom Piranha                      HP：220
Piranha Plant(食人花)  x2             30

在前面的食人花在被打倒后会不断补充，所以不用理。
但要注意一旦Mom Piranha受攻击时，它们会自动反击的。
而当Mom Piranha与前面的食人花是同一颜色时，它便会自动回复体力。

当Mom Piranha是红色时用雷电攻击，蓝色时则用火炎攻击。

*经验：412
*物品：Spiny Badge A
*稀有道具：无
*金钱：52

打倒它后，回去跟Lady Lima说话，之后碧琪公主所乘的飞机便会降落。

－－－Beanbean Castle(豆豆城)－－－

碧琪公主出来后发现碧琪公主的声音其实没有被盗走。
原来之前被盗去声音的是假扮的，那其实是Birdo假装的(怪不得Beanstar会失控了)。
因为库巴硬拉着马里奥和路易吉上它的航空母舰，结果碧琪公主便没有机会去告诉他们了。

接着当轮到玩家的自由时间时，先到城堡最上方的房间，会发现碧琪公主正在与女王谈话。
原来她想到Little Fungitown去访望从香菇王国移民到豆豆王国的香菇人。
但是若果要到Little Fungitown便必须经过Teehee Valley，一个满布怪物的沙漠。
碧琪公主还问马里奥兄弟会否陪伴着她，结果当然是肯定的(路易吉尝试说不答应，结果便被马里奥一记敲到地里‥‥)

只要玩家购买了新装备后，便随时可以往Teehee Valley出发。
而只要到豆豆城东北方市郊最上方的地方，便会看到有道路被紫色石头挡着，那便是通往Teehee Valley的路。

－－－Teehee Valley－－－

进入后碧琪公主及首相便会赶到，然后碧琪公主便会强制性被怪物捉走，要救她的话便要进最左方的水管跟她说话，之后便能正式开始穿越沙漠之旅。

首先要留意的便是绝不能让碧琪公主碰到敌人！否则她便会被捉走，又要花功夫进水管去救她。
而即使画面上没有敌人，如果碧琪公主跑离画面太远的话也是会被抓的。
另外只要跟她谈话或没有去路时便会转身。

最好每次先清除掉画面上所有看到的敌人，然后才慢慢想如何开掉挡路的门，并尽量令碧琪公主逗留在门前，否则只会更花时间。

第一场景可以说是最容易的，只要紧贴着她便行。
第二场景也没甚么难度，只要在她跑→走到门之前撞左方的惊叹号方块便成。
第三场景比较麻烦，先清除所有敌人，顺道按下上方墙壁的按钮。
待公主回程时，以极速跑到上面破坏石头，之后碧琪公主会再一次走到门前，此时才找路易吉躲到木桶内敲右面的按钮。
第四场景，这次战略差不多，先清除掉所有敌人，回头后重新再来时用特高跳跳到台阶上，然后不断用旋转跳，最后敲惊叹号方块即可。

之后会看到碧琪公主因为性急而擅自跑到上方去，结果果然被怪兽袭击。
而那些香菇人又因胆小而不敢去拯救碧琪公主，结果当然又是要表演英雄救美‥‥

一个弱点足而致命。

*头目战

Trunkle  HP：110

如果就这样攻击他的话大家可能会感到很吃力，但其实只要攻击他头上的植物便能很快地消灭他的了。
而且取得的经验值和道具也较多，可以说一举数得。

如果想挑战难度，也可以攻击他的身体，而他有时会一分为四，此时要分别那才是他的正体。
另外，在他吸气时别碰一些颜色怪怪的香菇，否则会中毒。

*经验：1000(+30)
*物品：Super Nut(x4)、1-Up Mushroom
*稀有道具：Lucky Bros.
*金钱：376

打败他后，香菇人便会出来迎接，而只要乘电梯便能到Little Fungitown。

－－－Little Fungitown－－－

在一番迎接后，碧琪公主便会先到镇中的城堡(？)休息，而玩家也可到处一探究竟，这儿有防具店、道具店、游戏店等。
但大家最好先往右上方走，接着会看到一个大的黄色香菇平台，接着往左下走进入七号水管(因为这水管必须要两个人才能进入，而且往后没机会回来，所以要现在进)。
镇左上方也有水管，但是无法进入。
在镇中有游戏店，大家要在内里玩小游戏，要马里奥样子那面下降的话按A，路易吉那面则按B，只要不断把物品送到食人花口内便行，取得破记录的分数便会得到Invincishroom。

不料马里奥吃了后竟然脸色大变！原来马里奥是食物中毒，中了一种豆感冒的病，若三天之内不治疗的话他便会变成豆！而要救他的话便要到镇外左方的Guffawha Ruins内取得Crabbie Grass的话便能痊癒。

接着当然是尽速离开镇到Guffawha Ruins拿Crabbie Grass去救马里奥了。

－－－Teehee Valley－－－

从镇回到沙漠后便要往左方走，会看到有一个一人用的升降机。乘升降机便能走到左方的出入口。
接着便是见路走路，踏上箭头弹簧台后便能到Guffawha Ruins。

－－－Guffawha Ruins－－－

在上方会看到有巨型鼹鼠，不过因为路易吉不能破坏黑色石头，所以只好继续前进。

之后会看到巨型楼梯，上去便是遗迹的入口了。
而楼梯的左方所通往的其实正是最初铁匠教授运用鎚子技巧的地方。
不过因为不能破坏石头，所以只能向上走。

之后会看到在中央有一块奇怪的石碑，破坏它后用鎚子连续击中八次蓝色球体，之后再按下按钮，遗迹便会开门。

进入遗迹后，先对着水晶球用雷电来开门。
之后到了要敲感叹号的地方，敲下尽快跳过平台，否则便要重新再来。然后便是要看准时机在移动平台之间往来，再来便又是动脑筋的时间了。

先敲左方的蓝色按钮，然后跳往上一层按绿色按钮。
再来便是跳到最右上方敲红色按钮。
接着回到第一层按绿色按钮。最后跳到左方按下蓝色按钮便能离开。

之后到最深处撞惊叹号方块便会出现大家所谓的「怪物」。
那恐怖传闻原来都是它们在以讹传讹，然后它会问玩家是否愿意替它抒解一下压力，只要玩家在30秒内都不要掉到地面，出入口便会开启。